Den som frafaller troen på Allah og Muhammed som hans sendebud, skal henrettes. Dette gjør det umulig å tillate misjonsvirksomhet, for om noen skulle bli overbevist av en misjonær og forlate islam, vil det være skadelig for ham. Han vil bli dømt til døden både i dette livet og i det hinsidige. Frafall er en av de største syndene i islam, og slik er islamsk lov.

Mens kristne i økende grad ble trakassert og i noen tilfeller angrepet og drept, ble kirken noe mer enn der man møttes til gudstjeneste. Den ble en sosial institusjon, et samlingssted og en frisone der de kristne kunne være som de var, uten å bøye ryggen eller skamme seg. Langt flere begynte å sende barna sine til kirkens fritidsklubber og bibelundervisning. Og som et resultat av dette ble den kristne identiteten sterkere og viktigere, selv om kopterne er og var klare på at de også er egyptere og en del av den egyptiske nasjonen. Tross alt var det de som alltid hadde vært der, lenge før muslimene kom.

Det osmanske riket var, med noen få periodevise unntak, et segregert samfunn hvor sosial og kulturell identitet og status ble avgjort ut fra religiøs tilhørighet. Sharialovene var det autoritative lovverket, og ikke-muslimer hadde liten eller ingen rettssikkerhet. For eksempel var det ikke dødsstraff for en muslim som drepte en kristen, mens en kristen som drepte en muslim, måtte bøte med livet. Kristne kvinner ble bortført, tvangskonvertert og solgt som sexslaver til harem. Barn fra kristne familier, særlig gutter, ble kidnappet og tvangskonvertert før de ble gitt videre til sønneløse muslimske familier.

I særlig konfliktfylte perioder fant også tvangskonverteringer sted. I 1896 konverterte for eksempel 15000 kristne i Erzerum til islam. Alternativet var å bli massakrert. 328 kirker ble omgjort til moskeer. I realiteten var det slik at religiøse minoriteter i det osmanske riket ble behandlet som annenrangs borgere.

«En million armenere har dødd i dette landet, og ingen tør å si det høyt. Så jeg gjør det», har den tyrkiske nobelprisvinneren i litteratur, Orhan Pamuk, uttalt.
Uttalelsen førte til dødstrusler, anmeldelser og flere straffesaker mot den verdenskjente forfatteren. Folkemordet på armenerne, assyrerne og grekerne under og rett i etterkant av første verdenskrig er den største skampletten i Tyrkias moderne historie, men var samtidig av avgjørende betydning for dannelsen av den tyrkiske staten og utformingen av en ny nasjonal identitet. Senere ble paradoksalt nok kurderne i det østlige Anatolia diskriminert og forfulgt, selv om kurdiske bander hadde vært blant de ivrigste deltagerne i folkemordet på de kristne.