Det er mye som taler for at Mester Eckhardt var aktet og elsket av svært mange for sin virksomhet som akademisk og åndelig veileder og som administrator i sin orden. Det er ikke noe som tyder på at han trakk kirkens lære eller institusjoner i tvil, men likevel fremgår det av hans tyske prekener at han stilte seg relativt fritt til dem, og at han viste tiltro til det enkelte menneskes direkte tilgang til guddommen gjennom adskilthet og avspenthet. Denne indre frihet innebar en relativ uavhengighet i forhold til kirkelige autoriteters kontroll, og dette ble ikke like godt mottatt på alle hold.
Som nevnt overtok Mester Eckhardt ledelsen for studium generale i Køln i 1324. Dette var et høydepunkt i hans akademiske og administrative karriere, men det skulle vise seg at veien ikke var lang til den motsatte ytterlighet. Hans siste år ble overskygget av den prosessen inkvisisjonen førte mot ham, hvor hans rett-troenhet ble trukket i tvil.