En annen potensiell forbindelse mellom immunforsvaret, tarmen og hjernen går via den essensielle aminosyren tryptofan. Denne aminosyren er sentral for å bygge proteiner og som utgangspunkt for å lage signalstoffer.
[...] Mikrobene som lever i tarmen, påvirker omsetningen av tryptofan på to måter. Noen ganger utløser disse mikrobene betennelse og får immuncellene til å øke nedbrytningen av tryptofan, eller mikrobene kan selv omgjøre tryptofan til nye stoffer.
Tryptofan som ikke brukes til proteiner eller brytes ned, kan i stedet omdannes til serotonin.