Søvnrytmen bestemmes særlig av nervesystemet. Det finnes et lite område sentralt i hjernen (den suprachiasmatiske kjernen) som har sin egen selvstendige rytme. Området er tett knyttet til synsbanene og påvirkes av lys. Fra dette senteret går det informasjon både til hormonproduserende kjertler og til det selvstyrte nervesystemet. Dette sørger for å synkronisere cellenes egne klokker med omgivelsenes sanne klokke. Når vi reiser over flere tidssoner, vil signaler fra den suprachiasmatiske kjernen i hjernen etter noen dager ha synkronisert kroppens ulike klokker så de stemmer med hverandre.