Ess-dur-fugen er en såkalt trippelfuge som består av tre sammenhengende seksjoner, hver med sitt selvstendige tema. Den symbolske tolkningsmulighet som allerede knytter seg til preludiets tre tematiske idéer, blir her enn mer påtrengende. I et visst slektskap med disse idéene, trer de tre fuge-temaer frem med konturer som klart innbyr til trinitarisk fortolkning; det første majestetisk og verdig (Faderen), det annet strømmende beveget (Sønnen), og det tredje sprudlende livfullt (Ånden).